Lã Toản ban đầu ủy thác toàn bộ việc triều chính cho Lã Hoằng, và cũng đã cố thể hiện sự rộng lượng bằng việc tha cho Tề Tòng và Lã Siêu. Tuy nhiên, Lã Toản và Lã Hoằng ngay sau đó đã nghi ngờ lẫn nhau, và đến mùa xuân năm 400, Lã Hoằng đã nổi loạn. Lã Toản đã đánh bại cuộc nổi loạn của Lã Hoằng, và cho phép quân đội của mình cướp bóc ngay cả kinh thành Cô Tang, ban thưởng phụ nữ ở huyện Đông Uyển (東苑, nửa phía đông Cô Tang) cho quân lính của ông, bao gồm cả vợ và các con gái của Lã Hoằng. Mặc dù sau đó ông đã hạ giảm và hủy bỏ những lệnh này theo đề nghị của Phòng Quỹ (房晷) song hậu quả đã xảy ra. Lã Hoằng sau đó bị bắt khi đang trên đường tới Nam Lương, Lã Toản đã cho hành hình em trai một cách tàn nhẫn.

Cũng trong năm 400, Lã Toản lập vợ mình làm Hoàng hậu.

Lã Toản ngay sau đó đã thực hiện một chiến dịch chống lại Nam Lương (lúc này đang do Thốc Phát Lợi Lộc Cô cai trị) song ông đã bị Thốc Phát Nục Đàn đánh bại. Đến mùa hè, ông bắt đầu một chiến dịch khắc nhằm vào Bắc Lương và đạt được thành công bước đầu, ông đã bao vây được tân đô của Bắc Lương là Trương Dịch (張掖, nay thuộc Trương Dịch, Cam Túc), song đúng như lời dự đoán của Khương Kỉ (姜紀), người trước đó đã khuyên ông không nên thực hiện chiến dịch, Thốc Phát Nục Đàn đã thực hiện một cuộc tấn công lớn và thậm chí đã vào được thành Cô Tang trước khi rút lui, buộc Lã Toản phải kết thúc chiến dịch chống lại Bắc Lương.

Mặc dù có những thất bại trong quân sự, Lã Toản lại dành nhiều thời gian cho việc uống rượu và săn bắn. Khi viên quan Dương Dĩnh (楊穎) cố thuyết phục ông thay đổi cách thức sinh hoạt của mình, ông đã cảm tạ và tạ lỗi với Dương Dĩnh song vẫn không thể thay đổi được các thói quen này.

Năm 401, Lã Siêu trong khi không có sự chấp thuận từ trước của Lã Toản, đã tiến đánh tộc trưởng Tiên Ti là Tư Bàn (思盤). Tư Bàn đã cử em trai Khất Trân (乞珍) đến phản đối với Lã Toản, và Lã Toản đã triệu hồi cả Lã Siêu và Tư Bàn về Cô Tang. Đến khi Lã Toản gặp gỡ hai người, ông đã dọa giết Lã Siêu song việc này chỉ đơn thuần là hù dọa. Ông sau đó tổ chức một bữa tiệc cho Lã Siêu và Tư Bàn, có ý định để hai người giảng hòa. Trong bữa tiệc, một huynh đệ của Lã Siêu là Lã Long đã liên tục dâng rượu cho Lã Toản, và vì thế Lã Toản đã say rượu từ sớm. Ông ngồi trên một chiếc xe và cho Lã Siêu cùng Tư Bàn đi một vòng quanh hoàng cung. Khi chiếc xe đến một ngưỡng cửa giữa hai cung, nó đã không thể vượt qua, và các cận binh của Lã Toản là Đậu Xuyên (竇川) và Lạc Đằng (駱騰) đã bỏ gươm ra theo lệnh để nâng chiếc xe lên. Khi họ làm theo, Lã Siêu đã lấy gươm của họ và tấn công Lã Toản. Lã Toản cố gắng chống lại Lã Siêu song vì không có vũ khí nên Lã Siêu đã có thể đâm ông. Cả Đậu Xuyên và Lạc Đằng đều cố gắng chống lại Lã Siêu song cũng bị Lã Siêu giết chết. Dương Hoàng hậu đã cố gắng huy động các cận binh để chống lại Lã Siêu, song các cận binh đã nhanh chóng bỏ rơi bà, và Lã Siêu sau đó đã lập Lã Long làm hoàng đế. Đầu của Lã Toản bị cắt và bêu trước người dân, song ông vẫn được truy phong thụy hiệu hoàng đế.